Богоявленский мужской монастырь, крупнейший в Костроме, был основан в день Богоявления Господня в 1426 года на реке Суде, неподалеку от центра города - Костромского кремля. Его строителем и первым игуменом летопись называет преподобного Никиту - «сродника и ученика» преподобного Сергия Радонежского. Главной святыней является чудотворная Феодосийская икона Божией Матери.
Долгое время здания монастыря оставались деревянными. Каменный пятиглавый Богоявленский собор построен в 1559-1565 годах при царе Иоанне Грозном. В конце декабря 1608 года, когда Кострома оказалась в руках польских интервентов, иноки Богоявленского монастыря решили скорее пожертвовать своей жизнью, чем покориться захватчикам. Лишь после осады и штурма монастырь был захвачен и разграблен. 11 его иноков приняли мученическую смерть. В XVII веке в монастыре начинают возводить каменые здания. В 1610 году была воздвигнута каменная церковь во имя святого Иоанна Богослова, которую освятил Патриарх Гермоген - будущий священномученик. При игумене Герасиме монастырь был обнесён каменной стеной 7-метровой высоты и приобрёл вид крепости. С конца XVIII века монастырь переживал упадок. Страшный пожар, истребивший в сентябре 1847 года почти половину Костромы, не пощадил и древнюю обитель, превратив её в развалины. В 1863 году разрушенный вследствие пожара и лежавший в запустении Богоявленский монастырь, по ходатайству игумении Марии указом Святейшего Синода был объединен с Крестовоздвиженско-Анастасииным женским монастырем и, преобразованный из мужского в женский стал именоваться Богоявленско-Анастасииным. Возрождая монастырь, игумения Мария отстроила его заново. Были перестроены и обновлены храмы и другие постройки обители, восстановлена почти полностью разрушенная монастырская стена, возведены новые жилые, а также настоятельский, трапезный, казначейский и больничный корпуса. Все здания были построены с большим архитектурным вкусом. Основной деятельностью, принесшей женскому монастырю славу всей России, стала организация народных лечебниц. Во время русско-турецкой войны 1877-1878 годов и в первую мировую община сестер милосердия оказывала помощь больным и раненым русским воинам. На рубеже XIX-XX веков возрожденный Богоявленско-Анастасиин монастырь стал традиционным местом паломничества для представителей царского Дома Романовых, для выдающихся церковных и государственных деятелей того времени. После революции в 1924 году монастырь был закрыт. Богоявленско-Анастасиин собор был отдан под областной архив. Сильнейший пожар в соборе в 1982 г. уничтожил все фрески и кипарисовый иконостас. В 1990 году Священный Синод РПЦ благословил в числе первых открытие Богоявленско-Анастасииного женского монастыря для возрождения в нем монашеской жизни.