Покровский девичий монастырь был заложен святым благоверным князем Андреем Константиновичем Суздальско-Нижегородским в Суздале на правом берегу небольшой реки Каменки в 1364 году. Эта обитель приобрела широкую известность как место пожизненной ссылки женщин из аристократических родов, ставших жертвами династической борьбы, семейных неурядиц и суровых обычаев своего времени. В XVI-XVII столетиях монастырь был одним из крупнейших на Руси.
Временем духовного процветания стал для Покровского монастыря XVI век. В тот период здесь подвизалась преподобная София Суздальская, в миру великая княгиня московская Соломония Сабурова. Её святое житие привлекло в монастырь многих представительниц княжеских и боярских родов, на обитель обратили тогда внимание и царственные самодержцы. Со времени пребывания преподобной Софии Покровский монастырь в Суздале вплоть до XVIII века будет местом пострижения, монашеского подвига и упокоения многих именитых особ, в числе которых супруга Ивана Грозного царица Анна, супруга Василия Шуйского царица Екатерина, супруга Петра I Евдокия Федоровна Лопухина и другие.
Нынешний вид ансамбля обители сложился уже в XVI-XVII веках. в 1510 году после посещения обители Василием III здесь началось большое каменное строительство. К 1515 году были выстроены надвратная церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и колокольня с храмом Происхождения Древ Креста Господня. Центральным памятником ансамбля является величественно-монументальный Покровский собор (1510-1518), который отличает монументальность архитектурного решения. С четырех сторон здание окружает открытая галерея, порталы собора богато декорированы.
Под зданием Покровского собора находиться усыпальница, где погребены знатные обитательницы обители. Во время правления Екатерины II в России начались реформы по секуляризации монастырских земель и переходе их в пользу государства. Указом императрицы Покровская обитель в Суздале благодаря своему положению и исторической значимости вошла в число первоклассных.
В 1913 году в связи с празднованием 300-летия династии Романовых Покровскую обитель посетил император Николай II.
В 1923 году монастырь был закрыт и разорён.
В 1950-1960-е годы монастырские постройки реставрировались, в них открылись музейные экспозиции.
В 1980-е годы здесь разместился туристско-гостиничный комплекс с рестораном и баром. В соборе был концертный зал.
Монашеская жизнь в древней обители возродилась в 1992 году.