Писатель, политолог, геофизик, театральный режиссёр. Родился 14 ноября 1949 года в Москве, в семье учёных. Отец — Ерванд Амаякович Кургинян (1914–1996) был профессором новейшей истории и специалистом по Ближнему Востоку. Мать — Мария Сергеевна Кургинян (Бекман, 1922–1985) — была старшим научным сотрудником отдела теории литературы Института мировой литературы имени Горького, специалистом по Т. Манну, автором ряда монографий. Дед был белым офицером, перешедшим к красным, расстрелян в 1937 году.
Выпускник Московского геологоразведочного института по специальности "геофизика" (1972). Окончил Театральное училище им. Б. Щукина (1983) по специальности "режиссура драмы". Кандидат физико-математических наук, научный сотрудник Института океанологии АН СССР (1974–1980). До 1986 года числился старшим научным сотрудником в лаборатории прикладной кибернетики Московского геологоразведочного института.
Созданный С. Кургиняном ещё в студенческие годы театр-студия в 1986 году вместе со студиями М. Розовского, "На Юго-Западе", "Человек" и др. принял участие в эксперименте "Театр на коллективном подряде". По результатам эксперимента театр получил статус государственного (театр "На досках"). Театр С. Кургиняна исповедует философский и метафизический подход к явлениям современности.
С восьмидесятых годов С. Кургинян параллельно с театральной деятельностью занимается анализом политического процесса. Неоднократно выезжал в «горячие точки» по поручению ЦК КПСС (затем — руководства Верховного Совета РСФСР) для проведения независимой экспертизы.
После неуспешных попыток предложить свои услуги секретарю ЦК КПСС Александру Яковлеву (1987 г.), Председателю Президиума ВС РСФСР Виталию Воротникову и председателю КГБ СССР Виктору Чебрикову (1988 г.) Кургинян был приближен вторым (затем первым) секретарем МГК КПСС Юрием Прокофьевым и введен в круги Совмина СССР и ЦК КПСС. В сентябре 1990 года на мозговом штурме в Совмине Кургинян предлагал провести жесткие конфискационные меры и массовые репрессии против "дельцов теневой экономики". Поддерживает в тот период тесные связи с группой "Союз".
В 1991 Кургинян отказался стать советником Горбачева из-за расхождений во взглядах на пути вывода компартии и страны из тупика. Идею С. Кургиняна об опоре на интеллектуальный слой (прежде всего, научно-техническую интеллигенцию) для взятия страной модернизационного барьера поддерживал Ю. Прокофьев, секретарь МГК КПСС. В центре Москвы С. Кургиняну, объединившему в Экспериментальный творческий центр ряд организаций и лабораторий с разработками прорывного характера, было предоставлено несколько домов.
В 1993 году стал советником Р. И. Хасбулатова, в ходе октябрьских событий находился в здании Верховного Совета. Являлся разработчиком сценария поведения оппозиционных сил, альтернативного тому, который был реализован 3 октября ("поход на Останкино"). По его мнению, план похода на Останкино был провокационный. Несколько раз срывал провокации, организуемые в среде "белодомовцев" (так называемый "бунт Соколова" и т. д.), категорически возражал против инкорпорации в среду белодомовцев баркашовцев и других провокационных элементов. Вёл политический диалог и информационную кампанию в пользу Верховного Совета. 30 сентября находившаяся внутри здания ВС "партия" сторонников похода на Останкино добилась выдворения С. Кургиняна как своего опасного противника. В этот же день С. Кургинян обратился ко всем сторонникам Верховного Совета с предупреждением о готовящейся провокации. Предупреждение было передано по каналам существовавшей на тот момент информационной системы "Кольцо", также появилось на лентах официальных информагентств (полный текст в журнале "Россия-XXI", № 8, 1993).
В 1996 году предложил представителям крупного бизнеса объединиться и встать на конструктивную прогосударственную позицию. Результатом этого стало известное "Письмо тринадцати".
По собственным словам, участвовал в отстранении генерала А. И. Лебедя от должности секретаря Совета безопасности Российской Федерации.
С июля по декабрь 2010 года соведущий телепрограммы "Суд времени".
Автор и ведущий "антишоу" программы "Суть времени", публикуемой с февраля 2011 года на видео-хостинге Vimeo, сайте ЭТЦ и сайте виртуального клуба "Суть времени". Автор ряда книг и многих статей в прессе, частый гость аналитических программ центральных каналов российского телевидения.
С января 1989 года организатор и президент Международного фонда "Экспериментальный творческий центр" (МОФ ЭТЦ, "Центр Кургиняна").
С. Е. Кургинян — автор тезиса о необходимости реализации мобилизационного проекта с целью перехода России и мира в Сверхмодерн, в противовес наступающему в мире Постмодерну (концу Истории), Контрмодерну. Концепция изложена в книге "Исав и Иаков".
С 1994 года регулярно участвует в международных конгрессах и симпозиумах. С 2001 года ведет постоянно действующий российско-израильский семинар по проблемам контртеррора и международной безопасности.
Является главным редактором выходящего с 1992 года научно-публицистического журнала "Россия-XXI" и альманаха "Школа целостного анализа" (с 1998 года). Руководит интеллектуально-дискуссионным клубом "Содержательное единство". Занимается анализом политических процессов в России и мире, посткапиталистических идеологий, политической философией и стратегией принятия решений.
Женат, есть дочь.