Родился в Риме в 1966 году. Учился на биологическом факультете, но не закончил университетскую программу. По слухам, его дипломная работа «Rilascio di Acetilcolinesterasi in neuroblastoma» стала основой первого романа «Жабры», опубликованного в 1994 году небольшим издательством «Эдиэссе» и приобретённого известнейшим издательством «Эйнауди» в 1997 году. Роман повествует о мальчике из Рима, у которого обнаружили опухоль. Он против воли оказывается в Индии, где попадает в разные, зачастую неприятные, приключения. В 1999 году по роману был снят одноимённый фильм, который, несмотря на большой бюджет, успеха не имел.

В 1995 году, вместе с отцом, известным психологом Массио Аманти, он написал очерк «Во имя сына» (Nel nome del figlio), опубликованное издательством «Мондадори». В 1996 году в антологии «Молодые каннибалы» был представлен его рассказ, написанный совместно с Луизой Бранкаччо. В том же году в издательстве «Мондадори» вышел сборник рассказов Амманити «Грязь» (Fango), среди которых «Жить и умереть в Пренестино» (Vivere e morire al Prenestino) и «Последний новый год человечества» (L’ultimo capodanno dell’umanità). По последнему рассказу в 1998 году был снят фильм «Праздника не будет» (L’ultimo capodanno) с Моникой Беллуччи в главной роли.

В 1999 году вышел в свет роман «Я заберу тебя и увезу» (Ti prendo e ti porto via), действие в котором происходит в вымышленном городке в центральной Италии. Всеобщая известность пришла к Амманити в 2001 году, после выхода романа «Я не боюсь» (Io non ho paura)[3]. В 2003 году Габриэле Сальваторес снял по нему одноимённый фильм.

В 2004 году Амманити написал сценарий для фильма «Сыворотка тщеславия» (Il siero della vanità). В 2006 году был опубликован роман «Как велит Бог» (Come Dio comanda). Книга была неоднозначно принята критикой, пользовалась популярностью среди читателей и получила премию Стрега за 2007 год. В 2008 году на экраны вышел одноимённый фильм Сальватореса.

В 2009 году Никколо Амманити написал роман «Чтобы начался праздник» (Che la festa cominci).